技巧与提示

这里整理了一些实用建议，帮助你更好地使用 CatGo。

键盘快捷键参考

相机

按键	操作
方向键	旋转结构（俯仰和偏航）
W / S	滚转结构（逆时针 / 顺时针）
R	重置到与晶格对齐的相机视图
F	切换全屏

选择与编辑

按键	操作
Click	选择原子
Shift+Click	添加/移除选择中的原子
Double-click	清空选择
Delete / Backspace	删除选中的原子、化学键或测量
Ctrl+Z / Cmd+Z	撤销
Ctrl+Shift+Z / Cmd+Shift+Z	重做
Drag atom-to-atom (bond mode)	在两个原子之间创建键，并显示虚拟键预览
Escape (bond mode)	取消正在拖拽创建的键，或清空键选择

原子操作

按键	操作
Arrow keys (with selection)	按步长移动选中原子（默认 0.1 A）
Shift+Arrow keys	按 10 倍步长移动选中原子
Shift+Alt+Drag	不先点击也可拖动选中原子
Shift+Drag (left button)	旋转选中原子（pitch/yaw）
Shift+Drag (right button)	滚转选中原子
X / Y / Z	按住键时将旋转锁定到对应轴

界面

按键	操作
I	切换信息面板
Escape	按优先级关闭面板 / 退出模式
Ctrl+Enter / Cmd+Enter	从粘贴弹窗导入

轨迹播放

按键	操作
Space	播放 / 暂停
A / D	上一帧 / 下一帧
Ctrl+A / Ctrl+D	跳到第一帧 / 最后一帧
J / L	后退 / 前进 10 帧
PageUp / PageDown	后退 / 前进 25 帧
0-9	跳到轨迹百分比位置
+ / -	提高 / 降低播放速度

鼠标控制

操作	鼠标
旋转	左键拖动
滚转	右键拖动
缩放	滚轮
平移	Shift+拖动 或 Ctrl/Cmd+拖动
选择原子	点击
多选	Shift+点击
清空选择	双击背景

性能技巧

大结构（>1000 原子）

• 降低球体分段数 - 在设置中降低 sphere_segments（默认 20；大体系可尝试 12-16）
• 关闭化学键 - 对键检测较慢的大结构，把 show_bonds 设为 "never"
• 关闭镜像原子 - 如果不需要 PBC 可视化，关闭 show_image_atoms
• 使用等尺寸原子 - 启用 same_size_atoms 简化渲染

大轨迹

• 索引式加载 会对超过 25 MB（文本）或 50 MB（二进制）的文件自动启用
• 降低 FPS - 如果掉帧，降低播放速度
• 增大 chunk size - 更大的 chunk_size 会加快解析，但会占用更多内存
• 限制内存帧数 - 根据可用 RAM 调整 max_frames_in_memory

渲染质量与速度

设置	性能	质量
sphere_segments 12	快	球体略有棱角
sphere_segments 20	默认	质量较好
sphere_segments 48	慢	球体平滑
depth_cueing 0	无额外开销	无雾化
depth_cueing 0.5	少量额外开销	轻微深度感

自定义

原子颜色

CatGo 提供六种内置配色：

配色	风格
Vesta	行业标准（默认）
Jmol	Jmol 分子查看器颜色
Alloy	金属风格色板
Pastel	柔和、低饱和颜色
Muted	去饱和色调
Dark Mode	为深色背景优化

如需按元素自定义颜色，将 atom_color_mode 设为 "custom"，并在图例面板中分配颜色。

按属性着色

可将 atom_color_mode 切换为按下列属性为原子着色：

• Element - 标准周期表颜色
• Coordination number - 成键邻居数量
• Wyckoff position - 对称等价位点

色标（atom_color_scale）可以设置为任意 D3 interpolation function（viridis、plasma、inferno、magma 等）。

背景

• 将 background_color 设为任意十六进制颜色
• 将 background_opacity 设为 0 可获得透明背景，适合叠加到幻灯片上

标签

• 启用 show_site_labels 可在原子上显示元素符号
• 启用 show_site_indices 可显示索引号
• 调整 site_label_size、site_label_color 和 site_label_offset 可控制位置和样式

导出技巧

发表级图片

1. 将 background_opacity 设为 0（透明）或 1（纯白/纯黑）
2. 将 sphere_segments 提高到 48，让球体更平滑
3. 调整 atom_radius 到合适的视觉权重
4. 导出为 GLB 或 OBJ，用于 Blender、PowerPoint 或其他渲染软件
5. 也可以直接从全屏查看器截图

VASP 工作流

1. 从 OPTIMADE 导入 CIF，或从文件加载结构
2. 使用 slab cutter 创建表面
3. 使用 pencil mode 或 adsorption site finder 添加吸附物
4. 导出为 POSCAR，直接用于 VASP

批处理

对于大量结构，可以使用 CatGo 与 pymatgen 兼容的 JSON 格式：

1. 将结构导出为 JSON
2. 使用 Python/pymatgen 脚本处理
3. 重新导入结果

常见工作流

表面催化设置

1. 导入体相催化剂（例如来自 OPTIMADE 的 Pt）
2. 用 Miller slab cutter 切出 (111) slab
3. 构建 2x2x1 超胞以获得足够表面积
4. 寻找吸附位点（atop、bridge、hollow）
5. 使用 pencil mode 添加吸附分子
6. 冻结底部 2 层
7. 使用 MACE 或 CHGNet 优化
8. 导出为 POSCAR，用于生产级 DFT

快速结构检查

1. 拖放 CIF/POSCAR 文件
2. 按 I 查看化学式、空间群、晶格参数
3. 切换化学键和晶胞显示，检查结构
4. 如有需要，导出为其他格式

键合策略

CatGo 提供三种键检测方法：

策略	说明	适合场景
Solid angle	几何 solid angle 判据（默认）	通用场景
Electronegativity ratio	基于 Pauling 电负性差异	离子/共价材料
Atomic radii	共价半径和加容差	简单分子

如果键显示不正确，可以尝试在设置中切换键合策略。

对称性算法

空间群检测提供两种算法：

算法	说明
Moyo（默认）	现代对称性查找器，对多数结构准确
Spglib	经典算法，兼容性更广

如果检测到的空间群看起来不正确，可以调整 symmetry.symprec（默认 1e-4）。更宽松的容差会找到更高对称性。