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径向分布函数

源码: src/lib/rdf/RdfPlot.sveltesrc/lib/rdf/calc-rdf.ts

概览

该模块可以从结构和 MD 轨迹中计算并可视化径向分布函数 g(r)。它支持按元素对计算 RDF,也支持多帧平均。

组件

RdfPlot

带元素对选择功能的交互式 RDF 图。

计算

客户端(calc-rdf.ts)

在浏览器中使用成对计数和周期性边界条件快速计算 RDF。

服务器端

POST /api/md/rdf - 对大轨迹使用 NumPy 加速的服务器端计算。

参数

  • r_max - 最大距离截断
  • n_bins - 直方图 bin 数
  • element_pairs - 要计算的元素对
  • frame_range - 要包含的轨迹帧范围

功能

多帧平均

对轨迹帧上的 g(r) 求平均,以获得更好的统计结果。

配位数

积分 g(r),得到随距离变化的配位数。

峰分析

自动检测第一峰和最近邻距离。

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基于 AGPL-3.0-or-later 许可证发布。