径向分布函数
源码: src/lib/rdf/RdfPlot.svelte、src/lib/rdf/calc-rdf.ts
概览
该模块可以从结构和 MD 轨迹中计算并可视化径向分布函数 g(r)。它支持按元素对计算 RDF,也支持多帧平均。
组件
RdfPlot
带元素对选择功能的交互式 RDF 图。
计算
客户端(calc-rdf.ts)
在浏览器中使用成对计数和周期性边界条件快速计算 RDF。
服务器端
POST /api/md/rdf - 对大轨迹使用 NumPy 加速的服务器端计算。
参数
r_max- 最大距离截断n_bins- 直方图 bin 数element_pairs- 要计算的元素对frame_range- 要包含的轨迹帧范围
功能
多帧平均
对轨迹帧上的 g(r) 求平均,以获得更好的统计结果。
配位数
积分 g(r),得到随距离变化的配位数。
峰分析
自动检测第一峰和最近邻距离。