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快速上手

本教程会带你在 CatGo 中加载第一个晶体结构,熟悉 3D 查看器,并导出结果。

加载结构

CatGo 支持多种加载结构的方式:

拖放

最简单的方法是把结构文件(.cif.poscar.xyz.extxyz.json)直接拖到 3D 查看器中。压缩文件(.gz.zip)同样支持。

文件选择器

点击工具栏中的 Import 按钮,打开文件浏览器对话框。

粘贴内容

点击 Paste 按钮(或工具栏中的粘贴图标)打开文本弹窗。直接粘贴 CIF、POSCAR 或 XYZ 内容,然后按 Ctrl+Enter(macOS 上为 Cmd+Enter)导入。

数据库搜索

使用 OPTIMADEPubChem 搜索弹窗,从在线数据库查找结构。详情见数据库搜索教程

操作 3D 查看器

结构加载后,可以用鼠标和键盘与它交互:

鼠标控制

操作控制方式
旋转左键拖动
滚转右键拖动
缩放滚轮
平移Shift + 拖动(或 Ctrl/Cmd + 拖动)

键盘控制

按键操作
方向键旋转结构(俯仰和偏航)
W / S滚转结构
R将相机重置为默认视图
F切换全屏
I切换信息面板
Escape关闭已打开的面板或退出编辑模式

选择原子

  • 点击 原子即可选中;信息面板会显示元素、索引和坐标。
  • Shift+点击 可向选择集中添加或移除原子。
  • 双击 背景可清空选择。
  • DeleteBackspace 会从结构中删除选中的原子。

切换显示选项

使用 Controls 面板(齿轮图标)调整查看器:

选项说明
Show Bonds切换键显示
Show Cell显示晶胞线框
Show Image Atoms显示晶胞边界上的 PBC 镜像原子
Show Labels在原子上显示元素符号
Camera Projection在透视投影和正交投影之间切换
Color Scheme在 Vesta、Jmol、Alloy、Pastel、Muted、Dark Mode 中选择配色
Atom Radius调整原子球半径
Depth Cueing添加雾化深度效果

查看结构属性

I 或点击信息图标打开 Info Pane,其中会显示:

  • 化学式和组成
  • 空间群和晶系(通过 Spglib/Moyo)
  • 晶格参数(a、b、c、alpha、beta、gamma)
  • 晶胞体积和密度
  • 位点数量

导出

点击工具栏中的 Export 按钮保存结构:

格式扩展名用途
CIF.cif标准晶体学交换格式
POSCAR.poscarVASP 输入文件
XYZ.xyz简单笛卡尔坐标
Extended XYZ.extxyz带晶格和属性的 XYZ
JSON.json与 Pymatgen 兼容的 JSON
GLB.glb用于演示的 3D 模型
OBJ.obj用于渲染软件的 3D 模型

撤销 / 重做

所有结构修改(添加、删除、移动原子,切 slab,建超胞)都支持撤销和重做:

  • Ctrl+Z(macOS 上为 Cmd+Z)- 撤销
  • Ctrl+Shift+Z(macOS 上为 Cmd+Shift+Z)- 重做

下一步

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