快速上手
本教程会带你在 CatGo 中加载第一个晶体结构,熟悉 3D 查看器,并导出结果。
加载结构
CatGo 支持多种加载结构的方式:
拖放
最简单的方法是把结构文件(.cif、.poscar、.xyz、.extxyz、.json)直接拖到 3D 查看器中。压缩文件(.gz、.zip)同样支持。
文件选择器
点击工具栏中的 Import 按钮,打开文件浏览器对话框。
粘贴内容
点击 Paste 按钮(或工具栏中的粘贴图标)打开文本弹窗。直接粘贴 CIF、POSCAR 或 XYZ 内容,然后按 Ctrl+Enter(macOS 上为 Cmd+Enter)导入。
数据库搜索
使用 OPTIMADE 或 PubChem 搜索弹窗,从在线数据库查找结构。详情见数据库搜索教程。
操作 3D 查看器
结构加载后,可以用鼠标和键盘与它交互:
鼠标控制
| 操作 | 控制方式 |
|---|---|
| 旋转 | 左键拖动 |
| 滚转 | 右键拖动 |
| 缩放 | 滚轮 |
| 平移 | Shift + 拖动(或 Ctrl/Cmd + 拖动) |
键盘控制
| 按键 | 操作 |
|---|---|
| 方向键 | 旋转结构(俯仰和偏航) |
| W / S | 滚转结构 |
| R | 将相机重置为默认视图 |
| F | 切换全屏 |
| I | 切换信息面板 |
| Escape | 关闭已打开的面板或退出编辑模式 |
选择原子
- 点击 原子即可选中;信息面板会显示元素、索引和坐标。
- Shift+点击 可向选择集中添加或移除原子。
- 双击 背景可清空选择。
- Delete 或 Backspace 会从结构中删除选中的原子。
切换显示选项
使用 Controls 面板(齿轮图标)调整查看器:
| 选项 | 说明 |
|---|---|
| Show Bonds | 切换键显示 |
| Show Cell | 显示晶胞线框 |
| Show Image Atoms | 显示晶胞边界上的 PBC 镜像原子 |
| Show Labels | 在原子上显示元素符号 |
| Camera Projection | 在透视投影和正交投影之间切换 |
| Color Scheme | 在 Vesta、Jmol、Alloy、Pastel、Muted、Dark Mode 中选择配色 |
| Atom Radius | 调整原子球半径 |
| Depth Cueing | 添加雾化深度效果 |
查看结构属性
按 I 或点击信息图标打开 Info Pane,其中会显示:
- 化学式和组成
- 空间群和晶系(通过 Spglib/Moyo)
- 晶格参数(a、b、c、alpha、beta、gamma)
- 晶胞体积和密度
- 位点数量
导出
点击工具栏中的 Export 按钮保存结构:
| 格式 | 扩展名 | 用途 |
|---|---|---|
| CIF | .cif | 标准晶体学交换格式 |
| POSCAR | .poscar | VASP 输入文件 |
| XYZ | .xyz | 简单笛卡尔坐标 |
| Extended XYZ | .extxyz | 带晶格和属性的 XYZ |
| JSON | .json | 与 Pymatgen 兼容的 JSON |
| GLB | .glb | 用于演示的 3D 模型 |
| OBJ | .obj | 用于渲染软件的 3D 模型 |
撤销 / 重做
所有结构修改(添加、删除、移动原子,切 slab,建超胞)都支持撤销和重做:
- Ctrl+Z(macOS 上为 Cmd+Z)- 撤销
- Ctrl+Shift+Z(macOS 上为 Cmd+Shift+Z)- 重做