动力学（RMSD/RMSF）
Source: src/lib/md/MdDynamicsPanel.svelte, src/lib/md/MdAnalysisPane.svelte
概述
从 MD 轨迹计算 RMSD（均方根偏差）和 RMSF（均方根涨落），用于量化结构稳定性和逐原子柔性。
组件
MdDynamicsPanel
用于 RMSD/RMSF 计算和可视化的交互式面板。
MdAnalysisPane
统筹所有 MD 分析工具的父面板。
Metrics
RMSD
衡量结构随时间相对于参考帧的变化程度。
RMSF
衡量每个原子围绕其平均位置的平均涨落。
服务器 API
Endpoint: POST /api/md/rmsd
Parameters
reference_frame— 参考帧 index（默认：0）atom_selection— 纳入计算的原子alignment— 计算前是否对齐帧