RMSD 与 RMSF 教程
学习如何从分子动力学轨迹中计算均方根偏差（RMSD）和均方根波动（RMSF）。
前置条件
- 已在 CatGo 中加载的 MD 轨迹
步骤 1：打开 MD 分析
从侧边栏进入 MD 分析面板。
步骤 2：计算 RMSD
参考帧
选择用于 RMSD 计算的参考帧（默认：第一帧）。
原子选择
选择要纳入计算的原子（所有原子、仅主链，或自定义选择）。
结果
RMSD 时间序列显示结构相对于参考帧的漂移。达到平衡的体系通常会出现平台区。
步骤 3：计算 RMSF
逐原子波动
RMSF 显示每个原子在轨迹中的平均位移。
可视化
RMSF 值可以映射为 3D 查看器中的原子颜色或尺寸。
步骤 4：导出
导出时间序列数据或逐原子 RMSF 值。