RDF 分析教程
学习如何从分子动力学轨迹中计算径向分布函数（RDF）。
前置条件
- 一个 MD 轨迹文件（.extxyz、.traj、.hdf5）
- 已在 CatGo 查看器中加载的轨迹
步骤 1：加载轨迹
使用文件导入对话框或拖放操作加载 MD 轨迹。
步骤 2：配置 RDF 参数
元素对
选择要计算 RDF 的元素对（例如 O-H、Si-O）。
截断距离
设置用于原子对计数的最大距离（通常为 8-12 Angstroms）。
分箱数量
调整直方图分辨率（默认：200 bins）。
步骤 3：计算并可视化
点击 "Compute RDF" 生成图像。计算会遍历所有轨迹帧。
多帧平均
RDF 会在选定帧上取平均，以获得更好的统计质量。
步骤 4：解读结果
峰位置
第一个峰表示最近邻距离。后续峰揭示配位壳层结构。
配位数
对 g(r) 积分可获得配位数。
步骤 5：导出
将图像保存为 SVG/PNG，或将原始数据导出为 CSV。