氢键检测教程

学习如何在 MD 轨迹帧中检测并分析氢键。

前置条件

• 包含氢原子的 MD 轨迹

步骤 1：配置检测判据

几何判据

• D-A distance cutoff: 最大供体-受体距离（默认：3.5 A）
• D-H-A angle cutoff: 最小角度（默认：120 degrees）

供体/受体元素

选择哪些元素作为供体和受体。

步骤 2：运行检测

氢键会在整个轨迹中逐帧检测。

步骤 3：分析结果

H-Bond 数量时间序列

跟踪氢键数量如何随时间演化。

H-Bond 寿命

计算自相关函数以确定 H-bond 寿命。

供体-受体原子对

识别最常见的 H-bond 原子对。

步骤 4：可视化

H-bonds 可以作为虚线叠加到 3D 结构视图中。

相关内容

• H-Bonds 模块 - API 参考