聚类与 PCA 教程

学习如何使用聚类和主成分分析识别 MD 轨迹中的构象状态。

前置条件

• 已在 CatGo 中加载的 MD 轨迹

步骤 1：选择特征

选择用于聚类的结构描述符：

• 原子位置（对齐后）
• 成对距离
• 二面角

步骤 2：运行 PCA

降维

PCA 将高维轨迹数据投影到主成分上。

碎石图

检查解释方差，以选择主成分数量。

步骤 3：聚类轨迹帧

算法选择

选择聚类方法：K-means、DBSCAN 或层次聚类。

聚类数量

对于 K-means，选择聚类数量（可使用肘部法作为参考）。

步骤 4：可视化结果

PCA 散点图

将轨迹帧投影到 PC1 与 PC2 平面，并按聚类归属着色。

代表性结构

在 3D 查看器中查看每个聚类的质心结构。

步骤 5：导出

导出聚类归属、PCA 坐标和代表性帧。

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